缸內底砂過濾器也稱為底砂過濾器，是一種經濟實惠的厭氧菌過濾方式。在魚缸的底部設置一個底砂過濾器，上面舖滿底砂，利用空氣或馬達帶動水流，培養厭氧菌。如果水流得到適當的調節，可以大量的培養厭氧菌，提供厭氧菌的過濾效果。底砂過濾器一定要配合上部過濾器或背部過濾器，否則魚糞會滲入底砂的間隙，造成底砂的間隙變黑有礙外觀，需要定時清理。
優點：
- 可針對所養魚隻水性，選擇符合水質的底砂。對穩定酸鹼值、水質功效卓越。
- 底砂過濾器的水流如果可以調節大小，適當的水流可以大量的培養厭氧菌，提供最佳的厭氧菌過濾效果。
- 底床內會產生水流，底床與水中的溫度差變小，採用柱狀肥料，可防止肥料流失。
缺點：
- 魚糞會滲入底砂的間隙，造成底砂的間隙變黑有礙外觀。
保養：
- 定期以虹吸管清理部份底砂，保持缸底的潔淨。切勿大量清洗，以免硝化菌流失。
配合的過濾器：可搭配任何一種過濾器，增加厭氧性脱氮菌的過濾效果，適合任何一種水族缸。
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