缸內背部過濾器也稱為背部過濾器，是將魚缸的過濾系統設置魚缸中岩板的背部，背部過濾器一般採用多槽式的過濾方法，第一槽放白色濾棉濾，將水中魚的排泄物及殘餌，在此層隔阻並以腐生菌分解，第二槽放置生化棉，第三槽放置生化球，第四槽可以放置調整水質的沙石或泥土。第五槽可以放置活性碳或其他加强型濾材。
優點：
- 過濾器的水容量大，濾材多，過濾效果佳。
- 更換或清洗濾棉方便，定期更換濾材容易。
- CO2 不易逸散，適合水草。
- 有充分放置照明設備的空間。
缺點：
- 水族活動空間縮小。
- 自我裝配困難。
保養：定期更換濾材，但濾材切勿大量更換或清洗，以免過濾菌種流失。
應配合的過濾器：配合底砂過濾器，魚缸的過濾效果更好，適合淡水魚缸，淡水水草造景缸，海水軟體造景缸。
適合的魚缸：單層動力魚缸，成套的動力魚缸。
